1946年7月2日，唐纵被任命为警察总署署长，他上任不久，昆明就发生了举世震惊的“李闻血案”。为了应付各方面的责难，蒋介石命令唐纵赴云南“调查”。唐纵首先到重庆，召集保密局的大特务沈醉等人商量。最后，他们决定在白公馆和渣滓洞找几个因违反军统纪律而受处分的人，带到昆明当“替死鬼”
唐纵刚安排妥当，保密局副局长毛人凤就打来电话告诉他，云南警备总司令霍揆彰有重大嫌疑。唐纵只得放弃原计划，马上带沈醉、李肖白、郑修元、许建业四个特务头目乘机飞到昆明。
到了昆明后，唐纵听了保密局云南站长王巍的详细报告，确定就是霍揆彰派人暗杀了李公仆、闻一多。由于霍揆彰是陈诚系统的重要骨干分子，唐纵不但怕得罪霍揆彰，更怕得罪陈诚，因此对此案如何处理很感棘手。霍揆彰则认为蒋介石派唐纵去昆明查办此案，是蒋介石有意包庇他，所以只承认自己约束部下不严。
唐纵将破获“李闻血案”的经过详细电报蒋介石。蒋介石认为以唐纵的级别在处理此事时有困难，便派陆军总司令顾祝同、参谋长冷欣、宪兵司令张镇、宪兵司令部警务处处长周剑心等人昆明，协同唐纵处理。
最后，云南省主席卢汉建议只公布闻一多案，不公布李公朴案，避免引起新的骚乱。张镇、周剑心和云南省警备司令部军法处，共同编造了“闻一多案”：宪兵为了执行职务，到李公朴追悼会上进行监视，听到闻一多在会上痛骂蒋介石，宪兵李文山、汤时亮一时气愤将闻一多枪杀。这是宪兵个人的行动，与其他人毫无关系。
1946年8月15日，在昆明举行闻一多案的公审，判处李文山、汤时亮死刑。但是执行枪决时，霍揆彰只是找了两个死刑犯当替死鬼。而汤时亮、李文山等10多人，连同家属，霍揆彰早已派专车送到大理，交给第二军军长兼滇西警备司令王凌云保护起来。
李公仆、闻一多惨遭特务杀害，最后却被国民党当局以这种卑劣的手段善后，这在当时激起了极大的民愤。
处理完“李闻血案”后，唐纵决定搞清楚国民政府到底有多少警察，他开始拟定人事调查表、编制表、警官履历表等，要求各省市警察机构填报。
一开始唐纵信誓旦旦，认为在一年内一定能报告蒋介石一个可靠的数字。但由于各种原因，直到全国解放前，这个警官登记的工作也没有全部完成，由此也可见当时国民政府办事效率之低。
国民政府的警察从三十年代初开始采用指纹登记，个别大城市的警察局设有主管指纹的单位。但搞指纹工作的人员，有的学德国，有的学英国，有的学美国等等，各省市各搞一套，非常混乱。往往在甲地犯过案的人，到乙地再犯案后，警员采取指纹时，因办法不一致，分类归档各有不同，调阅档案时便发生许多困难，不能发挥应有的作用。
鉴于这种情况，唐纵从国外请来了一些专家。经过专家的研究后，决定采用统一的规定。同时，警察总署对采取指纹的纸型也作了统一。
当时，国民政府各大城市的警察一般都是警士待遇，素质参差不齐。只有少数警士是中学程度，绝大部分只是高小初小的文化程度。唐纵认为要这些人担任错综复杂的工作是无法胜任的，唯一办法是提高待遇从而提高质量。可是警察经费又无法增加，唐纵便只好采用“裁员增薪”的办法来解决这个问题，用两三个警士的钱来养活一个警员。唐纵认为：这是非常合算的事，因为一个质量好的警员，所起的作用可以以一当十。
唐纵当时亟需解决的一个很现实的问题，便是如何安置军统局缩编后裁汰下来的数以万计的小特务。这一大批在抗战中扩充组织时吸收来的小特务，既无资历又无学历，军统缩编时大都被送入军官总队收容。唐纵任警察署长后，又将他们大量转送到中央警官学校转业警官人员训练班，接受短期的警察业务训练。唐纵将警士改为警员后，便毫不费力地把这批人安置下来，这样既增加自己的力量，又可向蒋介石表功，因此他将这一制度一直坚持下来。
在“健全警察制度，必须使警察现代化和科学化”的口号下，保密局长郑介民和副局长毛人凤将中美合作所特警班在重庆的一批刑事实验器材和上百只从美国空运来的警犬一起送给了唐纵。因此，唐纵在警察总署内增设了一个刑事实验室，由原任中美所重庆特警班第二期副主任的刘人奎任主任。
戴笠在的时候，军统局原有一个警犬室，主任王芝禄，有几十条警犬，后来毛人凤也连人带狗一起送给了唐纵。这一批器材和警犬便成了唐纵实现所谓现代化和科学化的“宝贝”了。唐纵不止一次公开招待记者们去参观这些设备，说这是远东唯一的现代化装置。中美合作所留下来的大批美国脚镣手铐，唐纵也全部要去，分发到几个大城市的刑警处。
唐纵原来一向是吹捧纳粹德国的警察制度，抗战胜利后又改为吹捧美国，并按照美国模式改革旧的警察制度。后来唐纵曾准备聘请美国一个“犯罪学专家”当警察总署的顾问，以便更好地模仿美国的那一套。但那个“专家”嫌所付薪金太低而不肯来，这使唐纵感到非常失望。
警察总署成立后，虽然署长唐纵脱离了军统，但这个机构还是换汤不换药，与其说是警察部门，不如说更像为蒋介石服务的一个特务机构。